从两方面去看，一是西晋灭亡时晋朝皇族的逃亡情况，二是东晋建立后司马氏皇族子弟的境况：
一、西晋灭亡时的晋朝皇族
西晋末期的“永嘉之乱”，匈奴、羯族攻破洛阳城，屠杀王衍及司马氏皇族多人，包括“襄阳王司马范、武陵庄王司马澹、西河王司马喜、齐王司马超”在内的司马皇族，被刘聪派人用土墙砸死。
在城破之后，刘曜杀死晋太子司马诠等人，活捉怀帝司马炽。再加之之前八王之乱仅存的封王司马越，已经在洛阳城破之前就死，因此，在永嘉之乱中，晋朝皇族就损失众多。
等到晋怀帝司马炽死，司马邺在长安即位是为晋愍帝，刘曜围困长安城数月，愍帝出城投降被掳走。由此可以推断，在长安城中晋朝残留司马氏皇族应当也有损失一部分。最后，愍帝被杀，西晋灭亡。
在这个过程中，应当也是有司马氏皇族逃到南方，虽然没有具体去考究史料。但看当初东晋建立时，王敦有心想要推举东海王司马越之子司马毗即位，后继承东海王封号，可知晋朝皇族部分也成功逃到了江左之中。
二、江左东晋建立后的晋朝皇族境遇
应当知道的，晋朝皇族但凡能够逃到南方之人，应当不会遭遇什么凄惨境遇。东晋名义上依旧是晋室延续，作为司马氏皇族应当不会被怠慢。但是，逃到南方晋朝皇族该如何立足，应当去考虑东晋王朝的实际掌权者——门阀士族的影响。
西晋灭亡之前，本来为琅琊王世袭的司马睿，奉司马越、王衍之诏去建康，应当可知原本琅琊王一系子弟或都去往建康。
但观东晋政局变化，司马氏皇族即便有封爵称号在身，也在东晋前期没能掌控中枢和方镇实权。
原因当然要归结于东晋特殊的门阀政治影响，在门阀政治影响当中，即便如简文帝司马昱得以在朝中掌权时，也最终成为桓温的傀儡。
因此，可以推论门阀政治鼎盛时期，晋朝皇族即便逃到南方，也只能赋闲闲职，不能在东晋朝廷当中充当要职。
等到孝武帝即位，借助司马道子在朝廷当中排挤谢安，成功突破了门阀士族在东晋的近百年专权。司马氏皇族才有了重要任职，开始出任外部和中枢要职。
孝武帝为代表的皇权和司马道子及其子司马元显等人的相权的崛起，真正代表晋朝皇族在江左突破了门阀士族的封锁，开始站住脚。也就是这个时期之后，才有了晋朝皇族司马恬出镇青、兖刺史镇京口的先例。
总结
晋朝皇族逃到南方后，归附司马睿建立的江左东晋政权，应当依旧能够保持皇族身份。但是江左司马氏皇族的地位和待遇，会受到东晋门阀士族的压制，不会担任要职。待到晋孝武帝之后，门阀政治逐渐消退后，司马氏皇族才得以真正出头。不过，这已经步入了东晋末期。
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